Postup k odstranění pochybností by měl být časově i administrativně méně náročný než daňová kontrola. Správce daně by ho měl využívat v případech, kdy má konkrétní pochybnosti o údajích uvedených v daňových přiznáních, hlášeních nebo vyúčtování a domnívá se, že k vyřešení jeho pochybností postačí daňovému subjektu doložit určité (omezené) důkazní prostředky.
Pokud správce daně shledá, že po dodání vyžádaných důkazních prostředků ze strany daňového subjektu existují důvody pro pokračování v dokazování, měl by v tomto rozsahu zahájit daňovou kontrolu.