Daňová kontrola je zahájena doručením oznámení o zahájení daňové kontroly,jež obsahuje informace o předmětu a rozsahu kontroly. Během daňové kontroly musí daňový subjekt plnit povinnosti dané daňovým řádem, např. musí:
Daňový subjekt má ovšem také svá práva. Zejména se jedná o právo:
Ke konci daňové kontroly sepíše správce daně výsledek kontrolního zjištění, jehož součástí je i hodnocení zjištěných důkazních prostředků. Pokud z výsledku kontrolního zjištění vyplývá, že by mělo dojít k vydání rozhodnutí o stanovení daně, správce daně sdělí daňovému subjektu tento výsledek a stanoví mu lhůtu k vyjádření. Daňový subjekt je oprávněn proti výsledku kontrolního zjištění vznést výhradu nebo podat návrh na doplnění výsledku kontrolního zjištění.
Daňová kontrola je ukončena doručením oznámení o ukončení daňové kontroly, k němuž je přiložena zpráva o daňové kontrole.